ในวันที่ 31 สิงหาคม ค.ศ. 1849[3] คณะมิชชันนารี 5 คน ประกอบด้วย ศจ. สตีเฟน แมตตูนและภรรยา ศจ. สตีเฟน บุช และภรรยา และศจ. ซามูเอล เรโนล์ เฮาส์ ได้ประชุมอธิษฐานร่วมกันก่อตั้งคริสตจักรขึ้น เรียกว่าคริสตจักรเพรสไบทีเรียนที่ 1 กรุงเทพฯ โดยให้บ้านพักของมิชชั่นนารีบริเวณกุฎีจีน (หลังวัดอรุณราชวรารามราชวรมหาวิหาร) เป็นสถานที่นมัสการ โดยมี ศจ. สตีเฟน แมตตูน เป็นศิษยาภิบาลคนแรกของคริสตจักรแห่งนี้

หลังจากตั้งคริสตจักรไม่กี่วัน คณะมิชชั่นก็ได้มีโอกาสต้อนรับสมาชิกคนแรก (Chinese Christian) คือ ท่านซินแส กีเอ็ง ก๊วยเซียน (Quasien Kieng) เดิมท่านซินแส เป็นคริสเตียนในสังกัดของคณะอเมริกันบอร์ด (A.B.C.F.M.) ต่อมามิชชั่นคณะนั้นได้โยกย้ายจากสยามไปทำงานในประเทศจีน ท่านซินแสจึงย้ายสมาชิกภาพเข้ามาสังกัดคณะอเมริกันเพรสไบทีเรียน (ท่านเป็นครูใหญ่คนแรกของโรงเรียนชายสมัยนั้น ที่ต่อมาคือโรงเรียนกรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัย)[4]